ミステリー探偵ジューンには、主に2種類のゲームプレイがあり、画面の中からアイテムを探し出す「隠れたアイテム探し」と、ストーリーの進展とともに建造・装飾・拡張できるジューンの私有地オーキッド島に分かれます。

ミステリー探偵ジューンをプレイする上で重要になって来るのが「隠れたアイテム探し」です。各シーンは一枚の画像で表示され、画像の中からさまざまなアイテムを発見していきます。画面下部には、各シーンをクリアするために見つけなければならないアイテム名が表示されます。表示されたアイテムを見つけたら、そのアイテムをタップまたはクリックすると「発見」することができます。リストにあるアイテムをすべて見つけたら、クリアできます。アイテムを素早く見つけることができれば高スコアを獲得できます。

各シーンの終わりにポイントが付与されます。シーンをプレイするたびに、各シーンの最初に表示されるシーンブラウザの「攻略スター」が貯まったポイントに応じて増えていきます。1つのシーンにつき5つのスターを獲得でき、スターの数が増えるほど、その次のスターを獲得する難易度が上がっていきます。スターを獲得するとゲームが進み、「スターボックス」というスペシャル特典を手に入れたり、ストーリーをアンロックすることができます。

各チャプターには、それぞれ5つのシーンからなる「隠れたアイテム探し」と、最後に「アドベンチャーシーン」があり、シーンを進めるごとにストーリーの奥深くに隠された秘密を解き明かしていくことができます。「アドベンチャーシーン」はどちらかと言うと謎解き形式のゲームプレイであり、短時間でゲームをクリアすることによるボーナスはありません。

オーキッド島はジューンの一家の私有地です。オーキッド島を拡張、修復し、装飾品と建物で飾り付けてアップグレードしましょう。この進展に応じてフラワーを獲得することで、ゲーム内の新しいチャプターをアンロックすることができます。好みに合わせて島をカスタマイズすることも可能です。

建物の種類によっては、オーキッド島へ設置すると時間の経過とともにコインを獲得できるようになります。獲得したコインを使用して、装飾品や建物をさらに購入することができます。建物を建造するには素材が必要となり、完成までに時間がかかります。アップグレードできる建物も中にはあり、アップグレードをする事でさらなるフラワーを獲得できます。アップグレードができる建物には、準備が整い次第特別なアイコンが頭上に表示されます。

また、オーキッド島の重要なランドマークも要注目です。古い灯台など各ランドマークには、それぞれ特別な機能があります。それぞれのランドマークをアップグレードすることが、ゲーム全体の進捗に重要な要素となります。各ランドマークの修復には長い時間がかかりますが、それだけの価値があるのです。