Kooibommen zijn tikkende obstakels met een timer.
 

De timer telt af na elke zet. Als hij de 0 bereikt, ontploft de kooibom en plaatst hij vijf kooien over Jellys op het bord. 
Je kunt de bommen vernietigen door ze te combineren met Jellys van dezelfde kleur of door ze te raken met Super Jellys en andere ontploffende obstakels (zoals levende stenen en slijmspringers).

Tip: je kunt een Water Splash gebruiken om een kooibom te verwijderen. Met een Color Splash of kleurenklapper kun je een kooibom ook een andere kleur geven.